Les années 1990 sont marquées par une vague de spéculation immobilière. De nombreux immeubles restent vides pour être vendus plus facilement. Dans ce contexte, une série d'occupations a lieu. Elle fait face à une forme de « tolérance répressive », selon la formule d’une brochure d'Intersquat. Les évacuations sont nombreuses et ont parfois des suites judiciaires. Aux Pâquis, l’Association des nouveaux habitants (ANH) occupe, en 1988, deux immeubles au 2 rue Jean-Jaquet et au 41 et 45 rue Plantamour. Le 4 rue du Léman est également occupé en 1988.

En 1995, le 41 rue Plantamour est acheté par la coopérative immobilière CODHA à la suite de la faillite du propriétaire. Dans les années 1980-1990, le mouvement d’occupation demeure très lié aux mouvements de quartiers. Au début des années 2000, deux occupations spectaculaires d’anciens hôtels auront lieu dans le quartier : celle du California à la rue Gevray et celle du Carlton à la rue Amat. En février 2023, l'immeuble du 8 rue Royaume, laissé à l'abandon après un incendie, est occupé et rapidement évacué.